עם פרוץ המלחמה, נתנו השלטונות הבריטים הוראה כללית, לאסור את כניסתם לארץ של מהגרים ופליטים מן הארצות שבתחום הכיבוש הנאצי.
ההוראה נועדה למנוע הסתננות של מרגלים, מחבלים ואנשי “גייס חמישי” מארץ האויב, אך למעשה ביטאה גם את רוח “הספר הלבן” משנת 1939 ופגעה בסיכויי ההצלה של פליטים מארצות הכיבוש הנאצי, אשר הצליחו לעשות דרכם למדינות הבלקן שלא נכבשו עדיין.
מכסות העלייה הזעומות, שנקבעו על-פי חוקי “הספר הלבן”, עוכבו על-ידי הממשלה הבריטית, ועקב כך נמנעה הצלתם של יהודים רבים. עד שנת 1942 – כשהיטלר החל בביצוע שיטתי של תכנית “הפתרון הסופי” – חולקו רק 21,000 סרטיפיקטים (רשיונות עלייה) מתוך 75,000 שהובטחו למשך חמש שנים על-פי “הספר הלבן” ב-1939 .
בינתיים נחסמו הדרכים בים וביבשה ונסתמו דרכי ההצלה. במשך השנים 1944-1942 כמעט שלא ניתן היה לארגן הצלת יהודים כדי להביאם ארצה ברשיון, וגם הנסיונות לארגן “העפלה” (הכוונה לעלייה הבלתי ליגאלית בלבד) או להבריח יהודים לארץ בדרכי יבשה היו מעטים.
התביעה לעלייה חופשית היתה מגורמי ההתנגשות העיקריים של היישוב עם שלטונות המנדט במשך כל תקופת המלחמה ובעיקר לקראת סופה. ביטוי בולט ביותר למאבק למען הזכות לעלייה היה בארגון הצלת יהודים בכל דרך אפשרית והפרה בולטת של מדיניות “הספר הלבן”. את רגשי הזעם והאיבה כלפי המדיניות הבריטית ליבו הטרגדיות שפקדו את המעפילים הבלתי ליגאליים. הקשות שבהן היו פרשת “פטריה“, גירוש מעפילי “אטלנטיק” למאוריציוס ופרשת “סטרומה” (ראה דו”ח הסוכנות לקונגרס בנדון ) .
אסונות אלה וקשיים רבים וחמורים בארגון ההצלה ובהעלאת המעפילים לחוף, גרמו להאטה מסויימת בהעפלה אחרי 1941. אך מ-1944 שוב גברה פעולתם של “המוסד” ושל ועד ההצלה.
מספר אניות המעפילים שהגיעו לחוף הארץ גדל ותכף.
