עם תום תקופת השיתוף עם הבריטים בקיץ 1942 בוצעו שינויים במטה הפלמ"ח. ברור היה, שהבולשת הבריטית תנסה לחסל את הפלמ"ח. המטה הועבר מדירתו המרווחת בחיפה לקיבוץ אלונים ולאחר מכן לצריף גדול בקיבוץ מזרע, שהיה ידוע בשם "צריף מודדי הקרן-הקיימת" ועובדיו נקראו ה"מודדים". יצחק שדה המשיך בתפקידו כמפקד הפלמ"ח, לסגנו מונה אז יגאל אלון. יצחק דובנו ("יואב") איש נגבה נתמנה קצין הדרכה ראשי.
מימיו הראשונים של הפלמ"ח היה קיים במטהו "משטר של התייעצויות". הפקודות נמסרו לפיקוד הזוטר ולטוראים בשרשרת הפיקוד, תוך הקפדה יתרה על מילוין, אבל ככל האפשר קדמה להן הסברה מתאימה בכתב ובעל-פה למפקדים ולחברי השורה.
מזכירות המטה, שבה עבדה מן הימים הראשונים שושנה ספקטור ("שוש"), הציבה לה תפקיד ראשוני: להביא לידיעת המפקד את מצב החטיבה בכל יום – מספר האנשים, שמותיהם, מקצועותיהם והתמחויותיהם. לשם כך קיימה המזכירות כרטיסיה מרכזית ובה נרשמו כל פרטיו האישיים של כל חבר בפלמ"ח בכתב סתרים.
בנובמבר 1942 הועברו פלוגות הפלמ"ח לבסיסיהן הקבועים: 18 קיבוצים וקבוצות ומושב אחד. לאחר הזעזועים והעזיבות נמצאו בשש הפלוגות כ- 800 איש. באמצע קיץ 1943 הודיע הפיקוד העליון בפקודת יום מיוחדת על "1100 לוחמים ולוחמות עברים, כולם חמושים ומאומנים ברשות עברית, ענף להגנה עברית".
בחורף 1944 הוקמה פלוגה נוספת (פלוגה ז') – "פלוגת מטה", שבה רוכזו "המחלקות המיוחדות" שלא היו קשורות ליתר הפלוגות: יחידות הסיירים, שעיקר תפקידן השתתפות עם מחלקת הש"י של ה"הגנה" בעריכת תיקי הכפרים הערביים, "המחלקה הערבית", "המחלקה הגרמנית", "המחלקה הבלקנית", שבה רוכזו חברים מיוצאי ארצות הבלקן והדנובה והוכשרו לפעולות חבלה ומלחמה פרטיזנית, מתוך כוונה לשלחם לארצות הלבקן בשעת הכושר.
בשנת 1944 צורפו לפלוגה זו "היחידה הימית", שבסיסה היה במחנה של קיבוץ שדות-ים ששכן בקרית-חיים, ומחלקת הטייסים, שבסיסה היה בקיבוץ נען.
בחורף 1944 הוקמה גם פלוגה ח' בשל הצורך לקיים פלוגה מגויסת בסביבות ירושלים. מחלקות הפלוגה חנו ביישובים הקיבוציים המעטים בהרי יהודה ובאזור ים המלח וערכו בהם סיורים, מסעות ואימונים.
כדי לרומם את הרוח בפלוגות לאחר משבר המעבר למחנות העבודה והאימונים, וכדי לגבש את היחידות במסגרת פלוגתית, החליט מטה הפלמ"ח על עריכת מסעות פלוגתיים, רובם באזור ים המלח והרי יהודה.
המסעות הראשונים נערכו במאי 1943 כשמטרת הפלמ"חניקים להגיע למצדה ולעין-גדי. המסע הוכן בקפדנות על-ידי חוליות סיירים במשך כל החורף – מסע בהרים ובמדבר במשך שמונה ימים ללא כל בסיס יהודי בדרך וללא קשר. לפי הנהוג בימים ההם הוטל איסור חמור להשתמש במי המימיות בעת ההליכה. שלוש הפלוגות שהשתתפו במסע נפגשו בעין-גדי. "התקיים מפקד – סיפר אחד החברים – היינו מאות חברים. המדבר לא ראה עדיין מספר כה רב של בחורים משלנו".
בחורף 1944 הוקמה גם פלוגה ח' בשל הצורך לקיים פלוגה מגויסת בסביבות המטה להתחיל בהפעלתן כיחידות טקטיות. בסיס האימונים נקבע בסדום. והוחלט לשלב את האימון הפלוגתי בתכנית המסעות של הפלוגות. הנשק הקל, המרגמות, המקלעים ותחמושתם הועברו לסדום בסירות של חברת האשלג. הפלוגות הגיעו למקום ברגל. נערכו מטווחים, ושתי פלוגות עברו מערך מלא של תרגילי אש מחלקתיים ולאחר מכן תמרון פלוגה בהתקפה בחיפוי אש ובסיוע מקלעים כבדים ומרגמות של שלושה אינטש. כל תמרון "הסתיים בהטלת רימונים, הסתערות, קרב פנים אל פנים והתבססות במקום".
אי-אפשר היה לשמור בסוד פעולה מקיפה כזאת. "סוכנויות הידיעות העולמיות – סיפר יגאל אלון – פרסמו שה'הגנה' ערכה במדבר יהודה תמרונים אשר בהם השתתפו שישים אלף איש, והעיתונות הערבית עשתה את השמועות חומר לדברי הסתה. לא מן הנמנע כי השמועות הללו גרמו לריסון מה של תיאבון הלאומנים הקיצונים לפגוע ביישוב היהודי בשנים ההן".
אף-על-פי-כן לא נחה דעתם של האנשים בשורות הפלמ"ח בשנות המלחמה האחרונות. המלחמה התרחקה מן הארץ, אבל השמועות על הקרבות שהתנהלו במרחקים ועל השואה שפקדה את יהדות אירופה לא נתנו מנוח. האימונים נכנסו לשגרה והבחורים חיפשו מוצא לפעולה שתחרוג משגרה זו. הדיה של תסיסה זו ניכרו במכתביהם של אנשי הפלמ"ח וביומניהם. "קשה מאוד – כתב עלי בן-צבי באחד ממכתביו – לשבת כאן ולחיות חיים שקטים וקלים, רק מתוך התכוננות לעתיד — בידעי שבינתיים שם שוחטים".
חברים מעטים באו על סיפוקם בעבודה בארגון ההעפלה מעיראק ומסוריה. אחר כך שותפו מאנשי הפלמ"ח במפעל הצנחנים לאירופה. הידיעות על עבודה זו היה בהן משום עידוד, אולם הן לא יכלו לרוות את הצימאון לפעולה של מאות הצעירים במחנותיהם. רק עם תום המלחמה ניתן לאנשי הפלמ"ח מבוקשם בהיקראם למאבק עם משטר "הספר הלבן".
מתוך: קיצור תולדות ההגנה, ההוצ"ל מש"הבט, פרק כ"ב
