שוב עלתה על הפרק בעיית עתידו של הפלמ"ח. נציגי האזרחים במפקדה הארצית תבעו להקטין את הפלמ"ח ולפזרו ביישובים. להצעה זו התנגדו אלה שראו בפלמ"ח המגויס את ראשית הכוח הצבאי העצמי של היישוב. "עם הקמת הפלמ"ח – טען אליהו גולומב – ניתן לנו לחלום על החזקתו כחיל מגויס — הנפסיד עתה את ההישג הגדול הזה במו ידינו? הנשוב ברצוננו ובאשמתנו למצב של כוח מפוזר, המתאסף אך לימי האימון? אם לא נדע להחזיק בציפרניים, בכל התנאים, בהישג הזה, תחול האחריות עלינו".
במועצת הקיבוץ המאוחד בנען באוגוסט 1942 נדונה בעיית קיום הפלמ"ח. המועצה החליטה כי "דבר יצירת חיל עברי עצמאי גדל-כוח ורחב-מידות למלחמה באויב הנאצי ולהגנת היישוב העברי, צריך לעמוד במרכז חיי התנועה בתקופה זו". את הדרך לכך ראתה המועצה ב"האדרת ההגנה העצמית, הגדודים העברים וחיל הנוטרות". הובאה תכנית יישובית כללית לגיוסם של 10,000 איש נוספים לגדודים העברים במסגרת הצבא הבריטי ו- 5,000 מבני הנוער בגיל 20-17 ל"יחידות ההגנה המגויסות" )דהיינו – לפלמ"ח(. הקיבוץ המאוחד הודיע על נכונות יישוביו לקלוט עד אלפיים בני נוער ל"יחידות מרוכזות בעבודה ובאימונים". הוא אף הכריז על נכונותו להעמיד לרשות המוסדות אשראי לפעולה במשך חצי שנה בסך של 15,000 לא"י. להצעה זו הצטרפו גם חבר הקבוצות והקיבוץ הארצי וכן מועצת הסתדרות העובדים המ"ז שהתכנסה בספטמבר 1942.
שנתיים לאחר מכן, בעת הכינוס הארצי הראשון של הפלמ"ח, ציין הרמ"א משה סנה במיוחד "את העזרה והתמיכה הנאמנה שמושיט לנו הקיבוץ המאוחד", וכמה שנים לאחר מכן, עם מלאת שבע שנים לפלמ"ח, ציין ד. בן-גוריון את "זכותו המיוחדת של הקיבוץ המאוחד בהקמת כוח זה".
בהתאם להחלטת הגופים ההתיישבותיים, נערך נוסח חוזה בין המשקים לבין מטה הפלמ"ח.
בחוזה נאמר, כי כל מחלקת פלמ"ח הבאה לאחד המשקים תעבוד חודש ימים, ולאחר מכן תתחייב לתת למשק 14.5 ימי עבודה בחודש לכל חבר. שאר הימים יתחלקו ל- 8.5 ימי אימונים ל- 1.5 ימי מחלה ול- 6 ימי שבתות וחופשה. המשק התחייב לדאוג לשיכון האנשים ולמקום מתאים למועדון, לסדר את כלכלתם ולספק להם הלבשה, הנעלה ואספקה קטנה ולשלם בעדם מיסי הסתדרות.
העבודה במשק ההכרח לעבור למשטר עבודה ואימונים נתקבל במורת רוח גדולה בין חלק גדול מחברי הפלמ"ח; דברי ביקורת חריפים נשמעו בגנות הסידור החדש, שלא היה חדש ביותר, כי למעשה כבר התקיים מאז הגיוס בקיץ 1942, והניסיון שהצטבר אז לא היה מעודד. נערכו פגישות הסברה שבהם הביעו חברים רבים את התנגדותם לתכנית, וטענו כי האימונים בצירוף עבודה לא יביאו את הפלמ"ח לדרגה הצבאית הנדרשת ממנו. חברים אחרים הודיעו במפורש, כי אם ייכנס החוזה עם המשקים לתוקפו יעזבו את שורות הפלמ"ח.
מרש האבל אנשי הפיקוד העליון ומטה הפלמ"ח עמלו קשות בשכנוע החברים. רק מעטים ראו בסידור זה לא את הכרח המציאות, אלא דרך מקורית חדשה ורצויה להקמתו של צבא עברי. אחד מהם היה יצחק טבנקין, שטען כי "צבא שאינו בנוי על עבודה עלול להכשיל אנשים עובדים ולהרחיקם מעבודה"; חברים אחרים טענו בשם המציאות הקיימת ביישוב. "תנועת ה'הגנה' מכירה – אמר י. גלילי – כי בתנאי עם חסר מדינה וחסר כוח כפייה, יכול הפלמ"ח להתקיים רק על יסוד עבודת חברי הפלמ"ח. — כל האומר כי המזיגה בין עבודה וצבא נכשלה קובע בזה, כי נכשל הניסיון להקים כוח מזוין ומרוכז עברי חופשי, כי אין עדיין ביכולתו של העם הזה, המקיים את אמצעיו בהתנדבות ובלחץ ציבורי-חברתי, לקיים אלפי אנשים ולאמנם בתקציבים ממלכתיים. כל האומר כי עבודה ואימונים הם כישלון – אומר בזה כי הדרך היחידה להקים כוח עברי מזוין היא בתוך הצבא הבריטי. ואילו אנו רואים גם בשדה הצבאיות דרך עברית מקורית".
קמופלז' בתלבשת רחצה ברחובות !? שלא יכירו אם אני חיל או משתמט.
גורם נוסף למשבר במחנות הפלמ"ח היה ההבדל החיצוני בין הגיוס לצבא הבריטי לבין הגיוס לפלמ"ח. שעה שהמגויסים לצבא לבשו מדים וזכו בכל הזכויות והכבוד המגיעים לאיש הממלא חובתו למולדת, היה איש הפלמ"ח, בהופיעו בעיר ללא מדים ודרגות, נראה כאחד הצעירים המשתמטים. "ברחוב חיפשו משתמטים – סיפר בזכרונותיו אחד מראשוני הפלמ"ח – נמצאנו במצב מביש ולא פעם קיבלו אנשינו מכות ברחוב".
היו אלה ימים קשים לפלמ"ח. רק העובדה שחלק ניכר מחברי הפלמ"ח היו אותה שעה אנשים בעלי הכרה ומשמעת ציבורית, שנשלחו מיישובי העובדים המאורגנים, היא שמנעה את התפוררותו.
